พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ สตูล จัดแสดงในคฤหาสน์กูเด็น ที่สร้างขึ้นโดยพระยาภูมินารถภักดี หรือตวนกูบาฮารุตดิน บินตำมะหง เจ้าเมืองในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ระหว่าง พ.ศ. 2441 - 2459 เป็นสถาปัตยกรรมยุโรปแบบโคโรเนียล สร้างขึ้นเพื่อเป็นที่ประทับของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวคราวเสด็จปักษ์ใต้ แต่มิได้ประทับแรม ต่อมาจึงใช้เป็นบ้านพักและศาลาว่าการเมืองสตูล จนกระทั่งในสงครามโลกครั้งที่ 2 ราวปี พ.ศ. 2484