พิพิธภัณฑ์ศิริราชพิมุขสถาน เป็นพิพิธภัณฑ์ที่จัดตั้งขึ้นใหม่ ภายใต้โครงการ “สถาบันการแพทย์สยามินทราธิราช” คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล โดยใช้พื้นที่อาคารสถานีรถไฟธนบุรี(เดิม) บริเวณปากคลองบางกอกน้อย พื้นที่แห่งนี้มีความสำคัญอันเชื่อมโยงกับประวัติศาสตร์อย่างยาวนานตั้งแต่สมัยอยุธยา ด้วยเป็นส่วนหนึ่งของเมือง “บางกอก” ซึ่งเป็นเมืองหน้าด่าน และเป็นทางผ่านของบรรดาสำเภาที่เดินทางเข้าไปค้าขายกับกรุงศรีอยุธยา และทวีความสำคัญยิ่งขึ้นในสมัยกรุงธนบุรี มีการสร้างกำแพงเมืองและป้อมปราการอย่างแข็งแรง ครั้นถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ พื้นที่ด้านใต้ของปากคลองบางกอกน้อย ลงไปถึงวัดระฆังโฆษิตาราม เป็นที่รู้จักกันในชื่อ “วังหลัง” ด้วยเคยเป็นที่ประทับของกรมพระราชวังบวรสถานพิมุขหรือกรมพระราชวังหลัง ในแผ่นดินพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช พระปฐมกษัตริย์แห่งบรมราชจักรีวงศ์

 

 

ที่ดินผืนนี้ถูกปรับเปลี่ยนไปตามเหตุการณ์ต่างๆ กระทั่งถึง พ.ศ. 2443 ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯให้ใช้ที่ดินนี้สร้างเป็นสถานีรถไฟบางกอกน้อย ต้นทางของเส้น ทางรถไฟสายใต้กระทั่งถึงปัจจุบัน เมื่อคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาลเริ่มโครงการสถาบันการแพทย์สยามินทราธิราช เพื่อมุ่งสู่ความเป็นสถาบันทางการแพทย์ชั้นเลิศ คณะฯ เห็นความสำคัญของพื้นที่ประวัติศาสตร์แห่งนี้ จึงร่วมกับคณะโบราณคดี มหาวิทยาลัยศิลปากร ทำการศึกษาทางโบราณคดี ตั้งแต่เดือนเมษายน – ตุลาคม พ.ศ. 2551 พบหลักฐานทางโบราณคดีต่างๆ เช่น ฐานป้อมบางส่วน ซากเรือไม้ และภาชนะดินเผา คณะฯ ได้นำความกราบบังคมทูลสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี และมีพระราชวินิจฉัย ให้อนุรักษ์หลักฐานทางโบราณคดีเพื่อจัดแสดงไว้ที่พิพิธภัณฑ์ต่อไป